稻田種養(yǎng)的成敗，與管理有很大關(guān)系。管理除嚴(yán)格按稻田養(yǎng)殖和種稻的技術(shù)規(guī)范實(shí)施外，每天需要通過(guò)巡田及時(shí)掌握稻、養(yǎng)殖動(dòng)物生長(zhǎng)情況，并針對(duì)性地采取管理措施。特別是在大雨、暴雨時(shí)候要防止漫田；
檢查進(jìn)、出水口攔漁設(shè)施功能是否完好；檢查田埂是否完整，是否有人畜損壞，有無(wú)黃鱔、龍蝦洞漏水、逃逸；有無(wú)鼠害、鳥害，并及時(shí)采取補(bǔ)救措施。一般在傳統(tǒng)稻田養(yǎng)殖的區(qū)域，已形成公共秩序，管理較為單純；而新區(qū)則較為復(fù)雜，往往需通過(guò)技術(shù)與行政措施相結(jié)合才能奏效。為了便于管理，以成片、成大片開(kāi)展稻田種養(yǎng)有利于管理。此外，當(dāng)?shù)咎镏蟹硼B(yǎng)的苗種密度較大、產(chǎn)量較高（投餌型）時(shí)，會(huì)有疾病發(fā)生。
要做好預(yù)防，即定期對(duì)漁溝、漁溜利用殺蟲劑、殺菌劑消毒，以清潔水質(zhì)。發(fā)現(xiàn)漁病對(duì)癥治療，由于稻田水不深，溝、溜水體小，需慎重用藥，注意藥性，嚴(yán)控藥量和妥善施用，以求既能防治漁病，又不致使養(yǎng)殖動(dòng)物中毒死亡。